Карстовите подземни води са един от факторите на надземната и подземната среда, те създават условия за живот на пещерните организми и същевременно са ресурс, който задоволява различни потребности на човека (питейно и промишлено водоснабдяване).
Замърсяването на подземните води ги прави опасни за човека и животинския свят.
По своя характер замърсяването може да бъде биологично и химично. Първото е в резултат на попадане в подземните води на болестотворни бактерии и вируси и може да причини различни заболявания на човека и животните. Една от основните причини за възникването на биологично замърсяване е изхвърлянето на трупове на животни и други органични отпадъци в отворите на пропасти и пещери.
Химическото замърсяване се получава в резулат на химизацията на селското стопанство, обратни води от селищата и животновъдството, отпадъчни води от промишлеността, замърсени повърхностни и атмосферни води и др. То води до появата на нови химически вещества в карстовите води или повишаване на съдържанието на естествено съдържащите се във водите микрокомпоненти до степен, която ги прави екологично вредни.
По принцип спелеоложката дейност не се отразява чувствително върху качествата на подземните води, но това не значи, че спелеолога няма какво да предприеме срещу замърсяването.
В личен план вниманието трябва да се съсредоточи върху това да не се изхвърлят в пещерните реки и езера отработен и неотработен карбид, батерии и ръждаеми отпадъци.
Използването на пещерните води като отходно място, под предтекст, че няма да навредим на чистотата им, не може да бъде приемлив аргумент за подобни действия.
Проникването в пещери и пропасти, които са каптирани или попадат във вододайни зони може да допринесе не само до замърсяване на подземните води, но и до сериозни неприятности на всеки спелеолог. За това е по-добре да вземете съответното разрешение, отколкото да станете причинител на замърсяване или жертва на Закона за опазване на водите в България. Във всички случаи това няма да бъде полезно за никого.
Подмамени от желанието за големи открития спелелеолозите прибягват до оцветяване на подземните води с цел проследяване на техния път. В редица случаи оцветените води могат да излязат в някой каптиран карстов извор и това да предизвика паника, непредвидими реакции сред тези, които го използват, както и санкции от компетентните органи по водите.
Това може да се избегне, ако съобщите за намеренията си в кметството населището, в чиито граници се намира карстовият извор.
И най-важното, ако констатирате, че някой изхвърля каквито и да е органични, химически и механични замърсители във входовете на пропасти и пещери, както и повърхностно течащи и губещи се под земята реки, съобщете за това на съответната Регионална инспекция по околната среда и алармирайте средствата за масово осведомяване.